【元監督官が明かす】３６協定の落とし穴「届出したから大丈夫」ではない？実務上の盲点と対策

コラム

2026.07.10公開日2026.07.10

多田国際社会保険労務士法人

コンサルタント（元労働基準監督官）

石田　義貴

はじめに

　労働基準監督署の調査が入るとき、確実に閲覧を求められる書類の一つが「36協定（時間外・休日労働に関する協定届）」です。「毎年ちゃんと届出を出しているから大丈夫」と考えている企業でも、実は法的に正しく運用されていないケースを、筆者は監督官時代に数多く見てきました。36協定が刑事罰を受けないための要件である以上、その手続きや運用に不備があれば、全ての残業が労働基準法違反（刑事罰の対象）となり得ます。本稿では、元監督官の視点から、特に企業が見落としがちな次の3点を取り上げて実務的な対策を解説します。

①過半数代表者の適正な選出

②特別条項の運用

③管理監督者の労働時間管理

【３６協定様式】

１．落とし穴①：過半数代表者の適正な選出

　まずは、「過半数代表者（労働者の過半数を代表する者）」の選出方法です。

　選出ルールは、労働基準法施行規則（第６条の２）に定められており、これを遵守することが必要です。「親睦会の会長をそのまま代表にした」「会社が指名した」などの方法は認められません。

「36協定の代表者を選ぶため」という目的を明らかにした上で、投票、挙手、持ち回り決議など、労働者の民主的な手続きを経て選ばなければなりません。つまり、会社の意向に基づき選出された者であってはならず、労働者側の自主的な意思によって選ばれる必要があります。
管理監督者（労基法第41条第2号に規定する者）は過半数代表者になれません。管理監督者は労働者でありながら経営者と一体となって仕事をする立場にあり、このような者が過半数代表者になると、労働者の利益と相反することになるからです。

　36協定届の内容に不備があった場合、窓口、郵送又は電子申請のWeb（E-gov）上で指導文書が交付され、再提出を求められることになります。

＜実務メモ①＞　～届出時の留意事項～
監督署の職員から指導文書を交付されず、その場で修正を指示される場合がありますが、これを真に受けてその場で修正・届出することは絶対に避け、必ず一旦持ち帰るべきです。労使協定はあくまで使用者と過半数代表者が協議して内容を定めるものです。過半数代表者が知らないうちに内容を直してしまうと、後でトラブルになったとき「労使で合意していない＝協定は無効だ」と主張される恐れがあります。監督署に指摘されなければよいと考えるのではなく、「長時間労働の抑制や健康確保のための労使合意」という３６協定の本質に立ち返ってリスク管理をすることが求められます。

＜実務メモ②＞　～今後の過半数代表者の役割について～
働き方の多様化で「労使合意」によるルール調整の重要性が増す中、労働組合の組織率低下に伴い、「過半数代表者」の役割が年々大きくなっています。しかし、不適切な選出や法令の知識不足により、十分な議論のないまま形だけ選出されているという実態が課題となっています。現在、国の審議会では、この制度と実態のギャップを解消し、実質的な話し合いができる土台を作るため、選出手続きの見直しや使用者による過半数代表者への必要な情報提供といった、「労使コミュニケーションを重視した制度改正」に向けて議論が進められています。形だけの代表者選出は、今後ますます通用しなくなるでしょう。

２．落とし穴②：特別条項の運用

(1)「特別条項の上限時間」の設定

　36協定の特別条項は、下図の時間の範囲内で上限時間を設定・運用することになります。

　実務的には、法違反になることを恐れて、上限手前（月99時間など）の時間設定をしている企業が少なくありません。しかし、過大な時間設定は監督署の指導の対象になりやすいと言えます。実態として月90時間を超えるような突発的トラブルが生じ得る企業でなければ、極端な時間設定は避けるべきでしょう。過労死ラインと言われている「月80時間」が一つの大きな目安といえますが、自社の残業の実態に合わせ、できる限り現実的な時間設定をすることが肝要です。

(2)「臨時的な事由」の定め

　特別条項の発動は、あくまで「臨時的に限度時間を超えて労働させることができる場合」にのみ認められます。そのため、協定届には「月45時間を超える具体的な事由（例：大規模なシステムトラブルへの対応等）」をやむを得ない事情に限って記載することが必要です。

　単に「業務多忙のため」といった抽象的な理由では、仮に届出時に監督署の窓口を通過したとしても、事後の調査や裁判において「要件を満たさない特別条項の発動は無効」と判断されてしまう可能性があります。

(3)手続きの記録と保存

　特別条項を発動するには、「延長時間を超えることが見込まれる場合、事前に過半数代表者に対して申し入れを行う」といった手続きを協定に定め、かつそれを実施しなければなりません。

　最近、監督署にこの点を指摘されるケースが出てきていると感じます。法令で義務付けられてはいないものの、特別条項の発動手続きをしたことが客観的に分かる記録（メールや書面）を作成し、保存しておくことが推奨されます。

(4)健康確保措置の実効性

　特別条項の発動手続きと並んで注意すべきは、特別条項が適用された者に対する「健康確保措置」の実施です。協定届に記載した措置が実際に行われていない場合、監督署の指導の対象となります。

　なお、下図の選択肢のうち、⑦の相談窓口の設置と記入されている３６協定をよく見かけますが、実際には設置しただけで活用されていないケースが多いです。形式的に法令を遵守するのではなく、「何の目的で健康確保措置を講じるのか」という原点に立ち返り、自社で本当に機能する措置を検討する必要があります。

３．落とし穴③：管理監督者の労働時間管理

　労基法上の管理監督者は労働時間、休憩、休日（残業代含む）に関する規定の対象外です。

　しかし、労働安全衛生法（第66条の8の3）に基づく「労働時間の状況の把握義務」からは除外されていません。企業は、管理監督者の健康を守るため、その労働時間を客観的な方法（タイムカードやPCログなど）で把握する必要があります。

　管理監督者が長時間労働によってメンタルヘルス不調に陥ったり、過労死のリスクに晒されたりした際、「管理職だから時間を把握していなかった」という言い訳は通用しません。企業の安全配慮義務違反として、損害賠償リスクを負うことになります。

４．36協定に関するよくあるQ&A

　その他、36協定の届出等において、実務上よく受ける質問をQ&A形式でまとめました。

Q. 「反対意見がなければ信任したものとみなす」という形式で選出した代表者は有効ですか？

　A. 無効になると考えられます。「不信任の意思表示をしなかった＝信任があった」とする方法は、労働基準法が求める「民主的な手続きによる選出」とは認められません。労働者から明確に「賛成（信任）」の投票、挙手等での同意を集計する形をとらなければ、選出手続きの不備を指摘されるリスクが高いと言えます。

Q. 年度途中で過半数代表者が退職してしまったら、36協定は再提出が必要ですか？

　A. 36協定の有効期間内であれば、再提出は不要です。過半数代表者の要件は、あくまで「協定締結時点」で満たしていればよいため、有効期間の途中でその代表者が退職・異動したとしても、協定の効力自体が失われることはありません。ただし、期間中に協定内容を一部変更（再締結）する場合や、次年度の36協定を締結する際には、改めてその時点での適正な選出手続きを経て、新たな過半数代表者を決める必要があります。

Q. 対象期間の途中で36協定を破棄・再締結し、対象期間の起算日を当初の36協定から変更することはできますか？

　A.　期間の途中で起算日を変更することは原則として認められません。ただし、複数の事業場がある企業で対象期間を全社的に統一する場合など、やむを得ない事情で変更する例外的なケースにおいては、36協定を再締結して起算日を変えることができます。ただし、再締結した36協定に加え、変更前の36協定で定めた内容を引き続き遵守する必要があります。

５．労働時間規制緩和の最新動向（監督署の指導方針）

　高市政権発足以降、労働時間の規制緩和の一環として、監督署の指導の在り方についても見直しが求められています。

　これまで、月45時間以上の残業をしている労働者が認められた場合、36協定の法違反がなかったとしても、できる限り残業時間の削減を促すという目的で、一律に指導文書が交付されていました。しかし、今後はこの運用が変更される見込みです（成長戦略本部提言（下図））。

　変更の背景には、労働時間の規制緩和という政府の方針に加え、法律を遵守している企業に対してまで一律に指導文書を交付することは、現場の過度な負担や混乱を招いているという批判を解消する目的もあるのではないかと考えられます。

　一方で、提言にもある通り、一律の機械的な指導が見直される代わりに、「労働者の健康確保を重視した実効性のある指導」へとシフトされる可能性は十分にあります。

　特別条項の運用にあたっては、前述した通り「健康確保措置」の実施が既に義務付けられていますが、今後はこの措置が「実際に機能しているか」という面が、今まで以上に厳しくチェックされると予想されます。どのような法改正や制度変更があったとしても、自社の健康確保措置が形だけになっていないか、今から点検をしておくことが重要です。

６．結びに

　36協定を面倒な書類仕事と捉えるか、それとも労働者の健康を守り、企業を法的リスクから守るものと捉えるか。この意識の差が、企業の将来の健全性を左右することになります。

　現在、国では労働基準法改正に向けた議論が進められています。もし、36協定が前年度の協定の焼き直しにすぎないのであれば、法改正となる前に、法令の要件を満たしているか、手続きが適正に運用されているかを改めて見直して下さい。監督署の指導方針も年々変化しますので、見逃している「落とし穴」に対処しておくことが、企業にとってのリスク管理となります。

　多田国際社会保険労務士法人では、36協定の作成・届出から運用に至るまで、元監督官の視点からサポートさせていただくことが可能です。ご不安な点があれば、気軽にご相談ください。

出典：